La seva oposició al terrorisme d’ETA el van posar en el punt de mira de l’organització armada. El 2001 un paquet bomba li va esclatar a les mans i el seu domicili ha estat objectiu d’atacs violents diverses vegades. La seva aposta per a una resolució pacífica i negociada el van dur a signar el 2006 el manifest a favor del diàleg entre el govern espanyol i ETA. Landaburu, que es va manifestar també en contra del procés de criminalització del diari Egunkaria, presideix el Grup Basc de Víctimes del Terrorisme.